Elle est composée des Fédérations Départementales du BTP du Doubs, du Jura, de Haute-Saône et du Territoire de Belfort.
La Fédération du Bâtiment Franche-Comté est administrée par un Conseil d'Administration jouant, en outre, le rôle d'Assemblée Générale.
Il compte 26 membres dont :
- le Président de la Fédération Régionale,
- les quatre Présidents des Fédérations Départementales du BTP
- 21 représentants désignés par ces dernières.
Des mandataires régionaux ou nationaux de la Fédération Régionale ainsi que des personnalités issues de la Profession du Bâtiment ayant des fonctions économiques ou politiques, peuvent être cooptés au Conseil d'Administration.
Le Bureau de la Fédération est composé de sept membres :
- le Président,
- les Présidents des quatre Fédérations Départementales,
- vices Présidents de la Fédération Régionale,
- le Trésorier
- le Secrétaire.
Des commissions spécialisées, dont le nombre et la composition peuvent varier, participent également aux travaux et à la réflexion de la Fédération.
La Fédération du Bâtiment Franche-Comté est gérée par un Secrétaire Général qui organise et dirige les services sous l'autorité du Président et du Conseil d'Administration.


